La función original de esta construcción, fue la de servir de Pabellones de los Jefes y Oficiales de la Guarnición. Es el edificio más antiguo que existe en la ciudad, cuyos «Pabellones de Señores Jefes y Oficiales» datan del año 1863 a 1865.
Hasta el año 1944 en que se derribó el viejo cuartel del carabineros dela Explanada (actual Plaza dela Constitución), existió un edificio de planta baja que estaba situado en el ángulo izquierdo del mismo. Esta edificación fue durante muchos años el cuerpo de guardia municipal deLa Línea y, junto a él, la primera Comisaría de Policía también de esta ciudad hasta aproximadamente el año 1936. En este lugar se formaban las fuerzas que hacían la guardia en la Comandancia y dependencias cercanas. El Cuerpo de guardia de Santa Mariana se hacía cargo de vigilar La Comandancia, el de San Benito vigilaba la banqueta situada cerca del Fuerte de Santa Bárbara en la playa de Levante.
Actualmente el edificio de la antigua Comandancia Militar se denomina Edificio Istmo-Comandancia y alberga el Archivo Histórico Municipal “Francisco Tornay”, además de algunas Delegaciones Municipales. Sus dependencias ofrecen al visitante la oportunidad de contemplar magnificas exposiciones de artistas nacionales e internacionales y que se exhiben de forma temporal en sus salas.
Asimismo el edificio acoge una importante exposición entomológica permanente en la que se puede contemplar parte de la gran collección del especialista en la materia, José Torres.
Las salas de la planta baja del edificio, se prepara en estos momentos para albergar la exposición del s. XVIII cuyas piezas se encuentran en fase de restauración.
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